Ordet blev anvendt for første gang i 1529 som betegnelse for de evangeliske stænder, der protesterede imod at blive frataget den ret til fri religionsudøvelse, som de havde opnået på en rigsdag i Speyer i Tyskland i 1526. Senere er protestantisme blevet fællesbetegnelse for praktisk talt hele den ikke-romerske eller ikke-ortodokse kristenhed.
Egentlig betegner protestantisme (af latin protestari, "at træde i vidneskranken for en sag") ikke blot en negativ reaktion, men et positivt engagement i evangeliets sag.
Det særligt karakteristiske ved protestantisk kristendom er understregningen af det individuelle eller subjektive aspekt af religionen og det dermed sammenhængende opgør med objektivisme i form af faste læresystemer, dogmer og en autoritær, hierarkisk opbygget og styret kirkeinstitution. I stedet for en statisk, institutionel kirkeopfattelse træder en dynamisk, karismatisk indstilling. Man vil her med udgangspunkt i det gamle reformatoriske princip om, at kirken til stadighed skal befinde sig i en reformationsproces, "ecclesia semper reformanda est", altid kæmpe imod det, som religionssociologien har betegnet som "rutinisering af karisma".
Protestantismen omfatter foruden de lutherske kirker også de reformerte kirkesamfund og Den Anglikanske Kirke samt en række (fri)kirkesamfund, der repræsenterer den radikale protestantisme, som på reformationstiden nedvurderende blev betegnet som sværmerne.